Konfrontasi Malaysia-Indonesia terjadi ekoran daripada persetujuan Tunku dengan MacMillan untuk menubuhkan Malaysia yang mengandungi Tanah Melayu, Singapura, Brunei, Sarawak dan Sabah (Borneo Utara) pada 31 Ogos 1963. Pada 27 Mei 1961, Tunku secara rasmi telah mengemukakan cadangannya tentang Gagasan Malaysia. British pada prinsipnya menyokong impian Tunku, tetapi British lebih suka melihat Tanah Melayu bercantum dengan Singapura terlebih dahulu atas alasan bahawa wilayah-wilayah British di Borneo, termasuk Brunei, masih lagi mundur. Pada 23 November 1961, Perdana Menteri Harold MacMillan dan Tunku Abdul Rahman mengumumkan hasrat mereka untuk membincang Gagasan Malaysia.
Indonesia dan Filipina memandang serius keputusan kerajaan British dan Tanah Melayu untuk mewujudkan Gagasan Malaysia. Indonesia menganggap Malaysia sebagai jelmaan British yang bertujuan untuk mengepung dan melumpuhkan Indonesia. Justeru itu, ia menganggap Malaysia sebagai neokolonialis. Pemberontakan di Brunei pada awal Disember adalah kesempatan kepada Indonesia untuk membuktikan bahawa penduduk-penduduk tempatan menentang penyertaan mereka dalam Malaysia.
Filipina pula membantah penyertaan Borneo Utara dalam Malaysia yang dianggap sebagai milik Filipina. Filipina menuntut British mengembalikan Borneo Utara kepadanya ataupun kekalkan wilayah itu sebagai koloni British. Seperti juga dengan Indonesia, Filipina turut bersimpati dengan pemberontak Brunei.
Bantahan dan tentangan negara-negara jiran tersebut adalah cabaran besar kepada penubuhan Malaysia. Kerajaan British cuba menyelesaikan kontroversi itu melalui perundingan, tetapi gagal.
Sebagai usaha untuk menyelesaikan kemelut berhubung dengan Gagasan Malaysia, suatu persidangan peringkat Menteri dan Ketua-Ketua Negara telah berlangsung di Manila bermula pada awal April 1963. Persidangan itu berakhir dengan pemeteraian Perjanjian Manila yang antara lain bersetuju untuk mematuhi prinsip penentuan sendiri. Selanjutnya, mereka juga bersetuju untuk meminta Setiausaha Agung Bangsa-bangsa Bersatu mengesahkan sama ada Gagasan Malaysia adalah satu isu besar dalam pilihan raya terbaharu di Sabah dan Sarawak.
Ekoran persetujuan itu, penubuhan Malaysia yang sepatutnya dibentuk pada 31 Ogos 1963, terpaksa ditangguhkan sehingga kerja peninjauan oleh kumpulan peninjau PBB selesai. Pengumuman Tunku untuk menubuhkan Malaysia pada 16 September 1963, tanpa menunggu pengumuman laporan Setiausaha Agung Bangsa-bangsa Bersatu, U Thant telah mencetuskan kontroversi yang berakhir dengan tindakan Indonesia dan Filipina tidak mengiktiraf penubuhan Malaysia.
Namun begitu, kebijaksanaan barisan pemimpin negara di bawah pimpinan Tunku Abdul Rahman telah berjaya menyelamatkan negara daripada bencana perang dengan bangsa serumpun. Hasil perundingan cemerlang antara Tun Abdul Razak dan Ghazali Shafie dengan Tun Adam Malik, Menteri Luar Indonesia dan Jeneral Ali Moertopo di Bangkok dan Jakarta, konfrontasi Malaysia-Indonesia telah tamat.
MOHD SHAHRULNIZAM (Verified Reader) –